Para a compensação do Prejuízo Fiscal, além do limite de 30% em cada período de apuração, a pessoa jurídica deverá ficar atenta a alguns pontos que poderão impedi-la de compensá-lo.

Decorrentes das atividades operacionais da pessoa jurídica optante pelo regime de tributação do Lucro Real, os Prejuízos Fiscais apurados em anos-calendário ou trimestres anteriores são compensáveis para fins do Imposto de Renda, em qualquer prazo observado apenas o limite de 30% (trinta por cento) do lucro líquido ajustado em cada período de apuração. Tal limite não se aplica em relação aos prejuízos fiscais decorrentes da exploração de atividades rurais.

A partir do dia primeiro do ano de 1995, as compensações de prejuízos fiscais (lucro real negativo) apurados, são limitadas a 30% do lucro real antes da compensação, não se sujeitando a prescrição tributária. Tais prejuízos devem ser obrigatoriamente escriturados e controlados na Parte B do LALUR, em folhas específicas, individualizadas por espécie, com lucros da mesma natureza apurados nos períodos subsequentes para fins de compensação.

A pessoa jurídica não poderá compensar seus próprios prejuízos fiscais se entre a data da apuração e o período da compensação houver ocorrido, cumulativamente, modificação de seu controle societário e do ramo de atividade. Aquela que sucessora por incorporação, fusão ou cisão não poderá compensar prejuízos fiscais da sucedida.

No caso de cisão parcial, a pessoa jurídica cindida poderá compensar os seus próprios prejuízos, proporcionalmente à parcela remanescente do patrimônio líquido. Os valores dos prejuízos fiscais da sucedida constantes na parte B do Lalur, na data do evento, deverão ser baixados, na proporção dos valores vertidos para a sucessora, sem qualquer ajuste na parte A do Lalur. Ou seja, se por ocasião da Cisão Parcial foi vertido, por exemplo, 40% de seu patrimônio, então, deverá  ser baixado da parte “B” 40% de seu prejuízo fiscal.

Ainda, temos os prejuízos não operacionais, apurados pela pessoa jurídica a partir de 1° de janeiro de 1996, os quais são entendidos por "não operacionais" os resultados decorrentes da alienação de bens ou direitos do ativo permanente e tal "resultado não operacional" é igual à diferença, positiva ou negativa, entre o valor pelo qual o bem ou direito houver sido alienado e o seu valor contábil.

Os resultados não operacionais de todas as alienações ocorridas durante o período de apuração deverão ser apurados englobadamente entre si e, no período de apuração de ocorrência, estes resultados, positivos ou negativos, integrarão o lucro real.  Esses somente poderão ser compensados nos períodos de apuração subsequentes ao de sua apuração, com lucros da mesma natureza, observado o limite de 30%.